% dia5_pipeline.m
% Dia 5 - El pipeline completo, un sujeto de principio a fin.
%
% Requiere EEGLAB + ERPLAB instalados y los datos de ERP CORE (paradigma N400).
% Cambia RAIZ por la carpeta donde bajaste los datos y corre por secciones.

%% Configuracion
clear; clc;
[ALLEEG, EEG, CURRENTSET, ALLCOM] = eeglab;    % arranca y deja todo en el path

raiz = '/ruta/a/ERP_CORE/N400';                % <-- CAMBIA ESTO
s    = 'sub-001';
carp = fullfile(raiz, s);

%% El archivo que define las condiciones
% Escribirlo desde el script (y no a mano) hace que el analisis quede completo
% en un solo lugar. Es la misma copia que esta en bins/bins_n400.txt.
bdf = fullfile(raiz, 'bins_n400.txt');

fid = fopen(bdf, 'w');
fprintf(fid, 'bin 1\nPrime de par relacionado\n.{111;112}\n\n');
fprintf(fid, 'bin 2\nPrime de par no relacionado\n.{121;122}\n\n');
fprintf(fid, 'bin 3\nTarget relacionado, respuesta correcta\n.{211;212}{201}\n\n');
fprintf(fid, 'bin 4\nTarget no relacionado, respuesta correcta\n.{221;222}{201}\n');
fclose(fid);

type(bdf)          % miralo antes de usarlo

% El bin 3 se lee: "alinea el tiempo cero en un 211 o un 212, y acepta la epoca
% solo si el evento siguiente es un 201".

%% Cargar y mirar antes de tocar nada
EEG = pop_loadset('filename', [s '_N400.set'], 'filepath', carp);
inventario(EEG);        % la funcion del dia 3

size(EEG.data)          % antes de epocar: DOS numeros

%% Filtrar el continuo
EEG = pop_basicfilter(EEG, 1:33, 'Filter', 'highpass', 'Design', 'butter', ...
    'Cutoff', 0.1, 'Order', 2, 'RemoveDC', 'on', 'Boundary', 'boundary');

%% Etapas 1 a 3: EventList, bins, epocas
EEG = pop_creabasiceventlist(EEG, 'AlphanumericCleaning', 'on', ...
    'BoundaryNumeric', {-99}, 'BoundaryString', {'boundary'});

EEG = pop_binlister(EEG, 'BDF', bdf, ...
    'IndexEL', 1, 'SendEL2', 'EEG', 'Voutput', 'EEG');

EEG = pop_epochbin(EEG, [-200.0 800.0], 'pre');

size(EEG.data)          % ahora TRES: canales x muestras x epocas
EEG.trials

%% Etapa 4: artefactos (marca, no borra)
EEG = pop_artmwppth(EEG, 'Channel', 1:33, 'Threshold', 100, ...
    'Twindow', [-200 798], 'Windowsize', 200, 'Windowstep', 50, ...
    'Flag', 1, 'Review', 'off');

pop_summary_AR_eeg_detection(EEG, '');   % % de rechazo, por bin y total
% pop_eegplot(EEG, 1, 1, 1);             % mirar las epocas marcadas

%% Etapa 5: promediar y guardar
salida = fullfile(raiz, 'derivados');
if ~exist(salida, 'dir'), mkdir(salida); end

ERP = pop_averager(EEG, 'Criterion', 'good', 'SEM', 'on', 'Compute', 'ERP');
ERP = pop_savemyerp(ERP, 'erpname', [s '_N400'], ...
    'filename', [s '_N400.erp'], 'filepath', salida, 'Warning', 'off');

%% Revisar antes de confiar
iCPz = find(strcmp({ERP.chanlocs.labels}, 'CPz'));   % el sitio donde vive el N400
pop_ploterps(ERP, [3 4], iCPz);

% Entre 300 y 500 ms el bin 4 (no relacionado) deberia ir por debajo del bin 3.
% Los bins 1 y 2 deberian quedar practicamente encima uno del otro: hasta ese
% momento del ensayo las dos condiciones son identicas para el participante.

%% Comparar umbrales de artefacto (el ejercicio 5 completo)
% for umbral = [50 100 200]
%     pipeline_un_sujeto(raiz, s, umbral);
% end